עקב עליית האנטישמיות באירופה, בריחת פליטים יהודים מהשלטון הנאצי וסגירת שערי הארצות בפניהם, החלה והתארגנה באופן ספונטני וחשאי תנועת הבריחה, של היהודים ממרכז אירופה לאסיה התיכונה. בראש תנועת הבריחה עמדו בדרך כלל אנשי מחתרת מהתנועה הציונית החלוצית בפולין. בראשיתה, לתנועת הבריחה לא היה כל קשר למנהיגות היישוב בארץ. מאוחר יותר בשנת החל מ-1934, ארגון "ההגנה" החל לשתף פעולה עם התנועות החלוציות הציוניות באירופה להבאת עולים לארץ ישראל בדרך בלתי ליגאלית, וכך למעשה התחילה ההעפלה.

בתחילה, הנהגת היישוב לא שיתפה פעולה עם מפעל הבריחה  וההעפלה מחשש לפגיעה בעלייה החוקית שהבריטים אפשרו ומחשש לפגיעה בשיתוף הפעולה עם הבריטים. אך עם פרסום הספר הלבן  ב-1939, שהגביל את העלייה ל-1500 יהודים בחודש בלבד, והגביל את רכישת הקרקעות להתיישבות יהודית.  הוחלט כבר באותה שנה על הקמת המוסד לעלייה ב '  הזרוע המבצעית של ההגנה שנועדה לארגן בצורה מרכזית את ההעפלה. אנשי "ההגנה" השתתפו בפיקוד והובלת הספינות, במנגנון ההורדה לחופי הארץ, במתן שירותי לוגיסטיקה בנמלי היציאה לארץ, מודיעין וקשר (על ידי יחידת הגדעונים )  על מנת להוביל בבטחה את הספינות לארץ. ( לקריאת ספרו של דניאל רוזן אודות מורשת הגדעונים   הקישו כאן).

באוגוסט 1945 החליטה הנהגת הסוכנות היהודית בראשות בן-גוריון בשיתוף הארגונים הרויזיוניסטים אצ"ל ולח"י, לפתוח במאבק בבריטים, במסגרת תנועת המר"י העברי, באמצעות ההעפלה לארץ, זאת לצד אסטרטגיה של מגננה צבאית. בן-גוריון דחף ל"עלייה לוחמת" גלויה וחמושה,  אך לבסוף הוחלט לפתוח בפעילות נמרצת להבאת עולים באופן חשאי בעליה בלתי לגאלית - עליה ב', ולשם כך שותפה "ההגנה".

לפני מלחמת העולם השנייה הצליחו ההגנה והמוסד לעלייה ב' להביא ארצה למעלה מ-6,000 מעפילים ב-16 ספינות,  רק שלוש מהן לא הצליחו להוריד מעפילים לחוף. בנוסף הובאו מעפילים בעיקר מארצות ערב וצפון אפריקה גם בדרך היבשה ואף באויר.

בשנים 1945-1948 התעצמו פעולות העפלה והמוסד לעלייה ב'  הביא לחופי ארץ ישראל, למעלה מ-70,000 מעפילים ב-64 ספינות. אנשי הפלי"ם של הפלמ"ח פיקדו על הספינות, השיטו אותן ואבטחו אותן, ואנשי "ההגנה" הורידו את המעפילים אל החוף. "ההגנה" החלה לפעול בקרב הפליטים היהודיים שוכני מחנות העקורים  באירופה ובקרב עצורי מחנות קפריסין.  שליחי "ההגנה", מהם גם חיילי הבריגדה, סייעו לתנועת הבריחה להעביר פליטים ממזרח אירופה למערבה ומשם - לארץ ישראל. מאוחר יותר המוסד לעלייה ב' נטל תחת חסותו גם את ה"בריחה", וכמו כן ארגנו את פעולות ההעפלה ושליחת הספינות ועסקו בהכשרתם הציונית, הצבאית והמנטלית של צעירים המיועדים לעלייה, שהיוו את הבסיס לגח"ל (גיוס חוץ לארץ) במלחמת העצמאות. נפתחו באירופה מחנות אימונים מיוחדים שבהם הוכשרו לוחמים לעתיד. כמו כן גייסו אנשי "ההגנה" מתנדבים יהודים, אנשי המח"ל  (מתנדבי חוץ לארץ) . כדי שיעזרו ללחימה על הקמת המדינה.  רוב הצוות שהשיט את האקסודוס היה ממתנדבי חוץ לארץ ברובם יהודים אמריקאים שגוייסו לקראת רכש אניות המעפילים שנרכשו על ידי "ההגנה" בארה"ב. חלק מהצוותים היהודים שהשיטו את הספינות לאירופה ירדו מהן בנמלי אירופה וחזרו לאמריקה להבאת ספינות נוספות שנרכשו שם.

במקביל לפעילות ההסתדרות הציונית העולמית שדאגה לשמר את הקהילות היהודיות בעולם כמאגר אנושי למדינה שבדרך. פעלו גופים יהודיים נוספים לשמר ולחזק את יהודי ארץ ישראל ובכלל יהודים בעולם באשר הם. בין הגופים החזקים והגדולים היה הג'וינט שהוקם בשנת 1914 תוך איחוד של 3 אירגוני צדקה גדולים מיהדות ארה"ב. הג'וינט פועל גם בימינו אלה, להצלת יהודים הנתונים תחת איום.

לא אחת קרה שפעילות הג'וינט לא תאמה את מטרות ההסתדרות הציונית העולמית בשימור המאגר האנושי באירופה. לדוגמא,  פעל הג'וינט להוציא ולמלט יהודים מאירופה לארה"ב, קנדה ודרום אמריקה בניגוד לעמדת ההסתדרות הציונית. הנתק בין הגופים למרות אחדות המטרה שלהם בהצלת היהודים באשר הם, בלט במיוחד כשהיה צורך לעזור במאמץ למניעת הורדת מעפילי האקסודוס מאניות הגרוש בפורט דה בוק. מיום שהתברר שמעפילי האקסודוס מוחזרים לצרפת לקח לאירגון זמן רב, לקבל החלטה שעליו לסייע גם במקרה זה. בכסף ובמזון על מנת שהתנגדות המעפילים לרדת בצרפת תוכל להמשך לאורך זמן. אבל משהתקבלה ההחלטה בג'וינט על הסיוע, הוא הגיע בשפע ואף המשיך ללוות את מעפילי האקסודוס גם במחנות שאליהם הובאו בגרמניה, פפנדורף, אמסטאו, אמדן וסנגוורדן.

​

​